Plasmech,
The captain, whose body was recovered in June 2009, is thought to have not been in the cockpit.
Three of the four seats in the cockpit were retrieved; captain's seat. co-pilot's seat (that is how the BEA identifies the seat), and "fourth occupant's seat". The fourth occupant's seat is a jump seat. The main jump seat is the third occupant's seat, which apparently was not recovered (yet).
It is presumed that the two bodies recovered were sitting in two of those three recovered seats.
The Le Figaro article used the French word "sécurité" with respect to Air France procedures. As has been subsequently learned by non-native speakers of French, sécurité can be translated as either safety or security. Similarly, the French word "sûreté" can be translated as either safety or security.
I have seen sûreté and sécurité used in the same sentence, so the French must distinguish between the two with respect to meaning. French is not my native tongue by a long shot, but based on the following from Les Aeroports Francais, sûreté is used on the ground before boarding, and sécurité is used when in the air.
Sûreté
Soumettez-vous de bonne grâce aux contrôles de sûreté : il y va de votre propre intérêt ! Ces contrôles sont effectués avant l’arrivée en salle d’embarquement. Les bagages à mains doivent passer dans un appareil de contrôle radioscopique. Sur un écran, l’agent de sûreté visualise leur contenu. Vos bagages à main peuvent également faire l’objet d’une inspection visuelle ou d’une visite manuelle.
Sécurité
A bord de l’appareil, des instructions concernant les mesures de sécurité vous seront exposées par le personnel navigant commercial (hôtesses et «stewards») au moment du décollage, conformément aux obligations édictées par la réglementation internationale : renseignements sur l’usage des ceintures de sécurité, des gilets de sauvetage, des masques à oxygène et l’emplacement des sorties d’urgence. Ces instructions sont reproduites sur un feuillet placé dans la pochette située devant votre siège.
A lesson from Egyptair 990 was never leave a single pilot alone in the cockpit.