Hola Calory,
No tendrás problemas en sacarte el curso online. El problema aparece cuando toca examinarte de las asignaturas, ya que los exámenes son presenciales y suelen hacerse en sedes de autoridad competente (en España son en SENASA, pasa lo mismo con Grecia -los dos casos que conozco-).
Tengo un compañero que estudió el ATPL de forma online y cada vez que se tenía que examinar viajaba a UK.
Suerte